云盖寺在九龙江入海口“咽喉”边的山崖上，倚崖而建，背山面海，虽然所处位置海拔只有300多米，但因为临海，相对高度很高，显得高峻雄伟。山下的广场竖着四大菩萨、五百罗汉等石雕像。上山水泥路已经修好，汽车可以开到半山，来到山门前。这里有一块巨石，开裂为两半，中间自然形成一条狭窄的小路，砌有石阶，称为“云梯独步”，沿着“云梯独步”上行可以来到寺庙区。与一般寺庙殿堂纵向布局不同，云盖寺依山就势，倚着石壁并排建成左、中、右三殿。大雄宝殿居中，供奉释迦牟尼佛。两边分别是大悲殿和西方三圣殿。
