合肥中国科技大学实行的是独特的“全院办校，所系结合”的办校方针，依托中国科学院的各个研究所，促进了教学与科研的一体化。一方面，科大注重基础课教学，重视培养学生扎实的数理基础，自建校始长期实行五年制本科学制（上世纪末，商学院等少数几个院系本科学制改为四年，2000年入学的本科新生学制全部改为四年制）。另一方面，中国科大也不断进行教学体制改革和创新。例如，科大是全国第一所设立研究生院的大学；还于1978年创办了著名的少年班，让智力超常的少年进校学习，培养了一大批少年大学生。从1963年开始有第一届毕业生以来，科大已有50名本科毕业生（截至2012年）陆续当选中国科学院或中国工程院院士，平均每千名本科毕业生中产生一名院士，比例之高为全国之最。